מלכישוע הוקמה ב-1990 ביוזמה משותפת של הרשות הלאומית למלחמה בסמים ואלכוהול ומועצה אזורית בקעת בית שאן (כיום – עמק המעיינות) ובשיתוף משרדי הרווחה, הבריאות והחינוך.

ייעודו של מלכישוע הוא לתמוך במכורים ולסייע בידם לשוב לחייהם כבני אדם עצמאיים המקיימים יחסי גומלין בריאים עם סביבתם.

מלכישוע מהווה דוגמה למכורים לבוגרי טיפול ולחברה, מעניקה תקווה לשיקום, לשינוי ולסלילת דרך חדשה ולוקחת חלק בפעילות מניעת התרחבות מעגל ההתמכרויות. הפניות לקהילה מתקבלות דרך מערכת בתי המשפט, עובדי רווחה או פניה אישית ישירה

מלבד הקהילות הטיפוליות בכפר מפעילה העמותה מסגרות הנוספות מחוצה לו:
הוסטלים לבגירים ונוער, בתים חינוכיים-טיפוליים לנערות.